Видения начали появляться уже в раннем детстве. Маленький Франческо не говорил об этом, поскольку считал, что такое случается с каждым. Это были видения Ангелов, Святых, Иисуса, Мадонны, но порой также бесов. В конце декабря 1902 года во время размышлений о своём призвании Франческо имел видение. Вот как он описал это через много лет в письме к своему исповеднику (пишет о себе в третьем лице): «Франческо увидел около себя величественного человека редкой красоты, светлого, как солнце. Он взял Франческо за руку и с поощрением сказал: `Иди за мной. Необходимо, чтобы ты был хорошим воином`.Прибыли на широкое поле, где находилось огромное количество людей, поделённых на две группы. С одной стороны находились красивые люди в ярких, как снег, белых одеждах. С другой – люди страшные, в чёрных одеждах, стоявшие как бы в тени. Молодой Франческо, поставленный между двумя группами, увидел, что к нему приближается очень высокая фигура, задевающая за облака, с уродливым выражением лица. Светлый, как солнце, человек, стоявший рядом с Франческо, одобрительно призывал его начать битву с чудовищным существом. Франческо просил, чтобы ему было позволено избежать столкновения с разгневанным чудовищем, но светлый человек не уступал: `Напрасно всякое твоё сопротивление, ты должен вступить с ним в битву. Смело, уверенно начни бой, иди вперёд, а я буду рядом и не позволю, чтобы он одержал победу над тобой`. Битва началась и оказалась ужасна. Благодаря светлому человеку, находившемуся рядом, Франческо удалось победить. Огромное чудовищное существо, отступая, волокло своё тело вглубь толпы страшных людей при всеобщих криках, богохульствах и завываниях. В то же время толпа людей в белых одеждах издала восторженный возглас похвалы для того, кто помог Франческо победить в так страшной битве. Человек, светлый как солнце, возложил на голову Франческо корону редкой, неописуемой красоты. Но сразу же снял корону с головы Франческо и сказал: `У меня есть более красивая корона для тебя, дам её, если будешь и дальше вести борьбу с тем ужасным существом, которого ты сегодня победил. Оно всегда будет возвращаться, чтобы нападать вновь и вновь…; побеждай его и никогда не сомневайся в моей помощи… пусть не пугают тебя его ужасные атаки, не бойся его страшного присутствия… . Я всегда буду рядом и всегда помогу тебе бросить его на колени`». После этого видения началась настоящая война со злом. Отец Пио испытывал в своей жизни многочисленные нападки «врага душ», стараясь вытаскивать души из дьявольских сетей.
Однажды вечером о. Пио находился в комнате на партере монастыря. Он был один и только что лёг в постель, как внезапно перед ним появился старый человек, окутанный чёрным плащём. Поражённый о. Пио поднялся и спросил его, кто он и чего хочет. Незнакомец ответил, что он – душа из Чистилища. «Меня зовут Пьетро ди Мавро. Я погиб в пожаре 18 сентября 1908 г в этом монастыре, превращённом после экспроприации у монахов в приют для нищих. Однажды вечером я заснул с непогашенной папиросой, лёжа на матраце из соломы, и сгорел. Прибываю из Чистилища: Бог позволил мне просить Вас отслужить за меня утреннюю Мессу. Благодаря одной Мессе я смогу попасть в Рай». Отец Пио пообещал, что отслужит за него Мессу. Но… вот слова самого о. Пио: «Я попросил проводить меня к дверям. Я понял, что разговариваю с мёртвым, поскольку, когда мы вышли, человек рядом со мной внезапно исчез. Я должен признать, что был довольно напуган. Отец Паолино Казакаленда, настоятель монастыря, заметил мою нервозность. Объяснив ему, что произошло, я попросил «разрешения отслужить Мессу за умирающую душу»». Через несколько дней отец Паолино решил проверить информацию и получил информацию, и получил разрешение просмотреть регистрационные книги посёлка Сан Джованни Ротондо с 1908 года. История о. Пио оказалась правдива. В хрониках смертельных случаев за месяц сентябрь отец Паолино нашёл имя, фамилию и причину смерти упомянутого отцом Пио человека: «18 сентября в пожаре приюта погиб Пьетро ди Мавро, сын покойного Никола».
Госпожа Клеониче Моркальди из Сан Джованни Ротондо была одной из духовных дочерей о. Пио. Через месяц после смерти своей матери она пришла на исповедь к о. Пио и услышала от него следующее: «Сегодня утром твоя мама взошла на Небеса. Я видел это, когда служил Святую Мессу».
Эта история была рассказана отцом Пио отцу Анастазио. «Вечером я молился на хорах и вдруг услышал шелест одежды. Потом увидел молодого брата, который наводил порядок в главном Алтаре: вытирал пыль с канделябров и устанавливал вазы с цветами. Мне показалось, что это о. Леон. А поскольку начинался ужин, я подошёл к балюстраде и сказал ему: `Отец Леон, идите ужинать. Не время заниматься Алтарём`. Однако, мне ответил незнакомый голос: `Я не отец Леон`. `А кто же Вы?`, – спросил я. `Я – ваш брат, я проходил в этом монастыре новициат. Моей обязанностью было следить за чистотой и порядком в главном Алтаре в течении года. К сожалению, я много раз оказывал неуважение ко Христу, проходя по Алтарю без поклона перед Святыми Дарами в табернакуле. Из-за этой тяжёлой провинности я всё ещё нахожусь в Чистилище. Но Господь по великой милости Своей прислал меня сюда к вам, чтобы Вы положили конец моим страданиям в этом огне любви. Позаботьтесь обо мне…` Решив быть щедрым к этой страдающей душе, я воскликнул: `Будешь в Раю завтра утром во время Святой Мессы`. Душа вскрикнула в ужасе: `Жестокий!` и исчезла. Этот окрик отчаяния ранил моё сердце на всю жизнь. Ведь я мог бы немедленно послать эту душу на Небеса, но распорядился оставить её ещё на одну ночь в огне Чистилища».
Отец Пио описал в письмах своему духовному отцу некоторые свои мистические опыты. Письмо отцу Агостино (7 апреля 1913 г.): «Мой дорогой отец, когда в пятницу утром я всё ещё был в кровати, ко мне явился Иисус. Он был очень недоволен и и подавлен. В видении показал мне большую толпу священников, как монахов, так и епархиальных, а среди них также церковных сановников. Как они служили Святую Мессу, как пренебрежительно переодевались в святые (литургические) одежды! Образ наполненного страданием и горечью Иисуса явился для меня причиной невыносимой боли. Я даже хотел спросить Его, почему Он соглашается на такое и желает страдать, выдерживая всё это. Но Он не ответил, а обратил взгляд на священников. Однако, вскоре Он отвернулся, как будто Ему было невыносима эта картина, и посмотрел на меня. Когда так смотрел, я заметил, к своему великому ужасу, на Его лице две обильные слезы. Иисус отошёл от толпы священников с чувством огромного недовольства, которое выражал весь Его облик, и воскликнул: `Убийцы!` А потом сказал мне: `Сын мой! Не верь в то, что моя агония длилась только три часа. Помня о душах, которые Я особенно люблю, Я буду пребывать в состоянии агонии до конца мира. В момент Моей агонии, сын Мой, не время спать. Моя душа неустанно ждёт хотя бы капли милости человеческой, но люди с безразличием оставляют меня Одного с этой огромной тяжестью. Неблагодарность и сон моих слуг делают мою агонию ещё тяжелее. Они так никчёмно отвечают на мою любовь! Наиболее мучают Меня своим безразличием, к которому добавляют презрение и скептицизм. Сколько раз в различных ситуациях молния Моего гнева должна была обрушиться на них, но остановливали Меня Ангелы и души, которые Я особенно люблю… Напиши своему духовному отцу и расскажи, что ты видел и что пережил во время встречи со Мной сегодня утром. Скажи ему, чтобы показал твоё письмо отцу провинциалу…`. Иисус продолжал говорить, но сказанное Им я не могу передать никому в этом мире».
Письмо отцу Агостино (13 февраля 1913 г): «… `Не бойся, ты будешь страдать из-за Меня, но Я дам тебе силу` – повторял мне Иисус – `Я желаю, чтобы твоя душа была испытана и очищена в ежедневных укрытых страданиях; не пугайся, если Я позволю, чтобы дьявол издевался над тобой, чтобы ты разочаровася в мире и чтобы дьявол преследовал и беспокоил близких тебе людей; ничего не случится с теми, кто пребывает неустанно под крестом из любви ко Мне, потому как на нём Я совершил дело великого искупления`».
Письмо отцу Агостино (18 ноября 1912 г.): «…Иисус, Его дорогая Матерь, мой любимый Ангел Хранитель и другие поддерживают и подбадривают меня. Не перестают повторять мне, что такая искупительная жертва очень необходима, вплоть до посвящения крови своей».
Письмо отцу Агостино (12 марта 1913 г.): «Слышишь, отец мой, справедливую жалобу нашего дорогого Иисуса: ‘Какой неблагодарностью платят люди за Мою любовь! Меньше обижали бы Меня, если бы Я меньше их любил. Мой Отец уже не хочет больше терепеть их. Я хотел бы перестать их любить, … (Иисус замолчал и вздохнул, a потом продолжал)… но увы! Моё сердце сотворено для любви! Слабые и подлые люди вовсе не пытаются преодолеть искушения и всё больше любуются своими гадостями. Души, избранные Мною, подверженные испытаниям, отдаляются от Меня, слабые поддаются замешательству и отчаянию, сильные постепенно теряют силу. Остаются Моими только ночами, а днём – только в храмах. Не заботятся больше о таинстве алтаря; уже не говорят об этом таинстве любви, a те, которые говорят о нём, к сожалению, делают это холодно и с каким-то равнодушием. Моё сердце забыто; уже никто не жаждет Моей любви; Я пребываю в состоянии непреходящей тоски. Мой дом стал для многих театром; как и Мои священники, на которых Я всегда смотрел с заботой, которых хранил как зеницу ока; это они должны успокоить Моё сердце, полное горечи; они должны помогать Мне в искуплении душ. К сожалению, именно от них Я получаю неблагодарность и забвение. Я вижу, сын мой, как многие из них… (здесь Иисус замолчал, рыдание сдавило Ему горло, тихо заплакал) лицемерно предают Меня в кощунственном причастии, растаптывают свет и силу, неустанно дарованные Мной…`»
